Может кто подскажет, командную строку можно в фоновом режиме запустить, чтобы пользователи 1С не видели мигающих черных окон?

Чего тебе надобно, старче?

(0) запускать через какой-нибудь vbs?

(0) Можно на сервере запустить, через фоновое задание.

+ Огласите лучше, что вы выполняете в "КомандаСистемы"?
Для какой цели, что в итоге хотели получить?

Например, процедура:
Процедура пинг()
КомандаСистемы("cd c:\123 && ping 192.168.2.1 > 1.txt");
КонецПРоцедуры

Запуская это из 1С видно как открывается окно командной строки, что-то исполняется. Но эти черные окна выглядят не эстетично.

эхо офф

Объект = СоздатьОбъект("wscript.shell");
ФС.УстТекКаталог("D:\Ruby\Other\");
Результат = Объект.Run("ruby D:\Ruby\Other\test.rb", 0, 1);    Если Результат = 0 Тогда
  Сообщить("Всё ок.");
Иначе        
  Сообщить("Ошибка.");    
КонецЕсли;

(7) а этот путь D:\Ruby\Other\, куда должен лежать?
Если у меня нет диска D:

Объект = СоздатьОбъект("wscript.shell");
ФС.УстТекКаталог("c:\123\");
Результат = Объект.Run("ping 192.168.2.1 > 1.txt", 0, 1);

Обрабатывается условие "Если Результат = 1". Сообщение "Ошибка." и файл 1.txt не записывается

Это из-за > 1.txt. Нужно передать команду cmd:
Результат = Объект.Run("cmd /c ping 192.168.0.1 > 1.txt", 0, 1);

(11)
Да, так файл записан, но запись этого небольшого файла заняла 15+ сек. И под конец выдало Сообщить("Ошибка.")   хотя повторюсь  - реально 1.txt есть. 15 сек это конечно через-чур

А прочитать вывод после завершения не судьба?

кроме того,например,средствами php пинг делается с дополнительными возможностями,а чеиез Wmi тоже можно много чего сделать,и не фиг окна открывать

https://www.white-windows.ru/kak-skryt-ispolnenie-fajla-cmd-ili-bat/

(12)
Запись файла не могла длиться 15 секунд. Это ping долго опрашивает хост. Может быть вместо своего IP 192.168.2.1 стоит IP из моего примера? (192.168.0.1)

(15) точно

(15) спасибо)

(6) echo off спасет только от отображения самих команд.
А собачка в начале строки только от отображения команды той строки.