СОбственно какой запрос написать в Connection.Execute() (тот, который через MySQL ODBC 5.1 Driver работает)? Что сделать с двоичными данными в 1С чтоб передать в mysql?

а) спец функции драйвера
б) перевести в https://ru.wikipedia.org/wiki/Base64 и сохранить как текст

можно еще использовать Adodb и прочитать файл в него,а по ом двоичными данными сразу в базу,только вот причем здесь 1с?