Есть 1С 8.2 УПП 1.3.102.
В ней создан WEB сервис «TEST» имеющий один метод METOD_1().

В httpd.conf он объявлен как:

# 1c publication
Alias "/TEST" "C:/www/TEST/"
<Directory "C:/www/TEST/">
    AllowOverride All
    Options None
    Order allow,deny
    Allow from all
    SetHandler 1c-application
    ManagedApplicationDescriptor "C:/www/TEST/default.vrd"
</Directory>

При этом успешно подключаюсь к вэб сервису «TEST» и выполняю метод METOD_1().

Далее добавляем новый метод METOD_2(), сохраняем конфигурацию. И пытаемся его вызвать, на что 1С заявляет, что «Метод объекта не обнаружен (METOD_2)».

Но если в httpd.conf сделать новое объявление вэб сервиса, но с другим Alias "/TEST_2" и с тем же default.vrd, например:

# 1c publication
Alias "/TEST_2" "C:/www/TEST/"
<Directory "C:/www/TEST/">
    AllowOverride All
    Options None
    Order allow,deny
    Allow from all
    SetHandler 1c-application
    ManagedApplicationDescriptor "C:/www/TEST/default.vrd"
</Directory>

Теперь:
1.обращаясь к вэб сервису по Alias "TEST" я могу вызвать METOD_1(), а METOD_2() по прежнему не доступен.
2.обращаясь к вэб сервису по Alias "TEST_2" я могу вызвать и METOD_1() и METOD_2().

Кэш 1С пользователя чистил, кэш 1С сервера чистил, комп перезагружал.
Похоже гдето еще кэш почистить надо?

Публикацию на веб-сервере обновлял?

обновлял. оба метода доступны, если я публикую сервис с другим  именем TEST_2

если я обращаюсь к сервису по старому имени TEST, то доступен только один метод.