Запросом получаю данные, заполняю ими деревозначений, как по кнопке "ок"/"записать" сохранять дерево в документе ?

ап

сохранять в табличную часть, вестимо

(2) а дерево никак ?

ну можно, наверное и в реквизит засунуть, с типом  хранилищезначения

(3) Дерево трансформировать в ТЗ и писать в ТЧ, а при открытии конвертнуть ТЗ в ДЗ и выкинуть на форму

Преобразовать в ТЧ, при открытии - обратно в дерево

спасибо