Доброе время суток. Установлена Рарус Аптека на основе 2 Розницы, в качестве ФР стоит обычный принтер чеков, работающий через обработку 1С принтер чеков (не эмулятор ФР). Все работает отлично и в один прекрасный день сумма документа отчет о розничных продажах и сумма выемки ДС очень сильно отличаются, не подскажите где искать причину?

Подскажу. Смотри чеки по этой кассовой смене.

там,наверное,есть виды оплаты кроме наличных

Либо выемку делали днем, а по закрытию смены изъяли оставшуюся часть. Да ну причин - масса.
Сумма продаж - это один показатель, Сумма денег в кассе - другой. Это два принципиально разных счетчика которые вот вообще никак не обязаны сходиться.

(2) Тип оплаты только нал.
(3) В структуре подчиненности документа только одна выемка ДС. Тип выемки при закрытии смены стоит полный т.е сумма отчета о розничных продажах обязана быть равной сумме выемки.

(3) Если тип оплаты наличные то сумма продаж и сумма выемки идентичны

Больше версий нет?

(6) Смысл давать версии?
>> сумма продаж и сумма выемки идентичны
>> В структуре подчиненности документа только одна выемка ДС.

вот суть в том, что в РМК есть кнопка "выемка", она делает просто выемку, которая не попадает в структуру подчиненности.
в драйвере есть команда выемки - она даже в 1С не отразится.
могли случайно выбрать не тот вид оплаты в какой-либо процедуре.
ситуаций когда сумма продаж и сумма выемки НЕ идентичны не просто масса - их овер9000.
Можно хотя бы тут на форуме поискать

Но.

Вы сообщаете минимум информации по по проблеме и требуете максимально подробный сценарий. Разумеется, никто дальше в таком диалоге участвовать не хочет.

Всего Вам доброго.