Добрый день.

Обмен БСПшный. Из базы1 в базу2 грузим документы. При этом на каждую строку документа в базе1 создаем отдельный документ в базе2.
Задача: при загрузке, если число строк уменьшилось - удалять (помечать на удаление) "лишние" документы, оставшиеся от предыдущего обмена.
Проблема: при попытке ДокОбъект.УстановитьПометкУдаления() получаю ошибку "работа с файлами запрещена, т.к. установлен безопасный режим".

Как обойти это ограничение?

Все просто. Безопасный режим в БСП устанавливается при выполнении кода из внешней обработки. Таковой являлась обработка для отладки загрузки. Если Настроить правила без отладки - то безопасного нет.