Есть глобальная функция в которой формируется проводка, то есть в набор записей добавляются записи. В одном из случаев во вновь созданной записи не заполняется регистратор. Соответственно в проводки документа эта запись не попадает. Регистратор же в запись устанавливается автоматически. Через отладчик пока не нашел в чем косяк.
"Регистратор же в запись устанавливается автоматически" - верю на слово :) Проверьте документ "в одном из случаев" на предмет включения в список регистраторов этого регистра.