Глюк старый, но может уже есть решение? Я искал - не нашел.

При разработке внешнего отчета, в какой-то момент изменения перестают применяться и помогает только изменение имени отчета, чтобы система думала, что это новый отчет. Но в данном случае вариант не очень, так как слетают настройки всех пользователей, которые не должны слететь.

Отчет сделан копированием из отчета который есть в базе?

(0) отчёт подключён в справочник внешних отчётов?

(1) В данном случае да, но сталкивался с таким глюком платформы и при разработке отчета с нуля.
Может быть так, что внесу какие-то изменения в отчет - все ок отображается в предприятии. Еще внесу - не отображается. Переименую отчет - все ок опять. Еще внесу пару раз изменения - все ок, а на третий раз уже переименовывать надо.
(2) Подключен, запускаю и как просто внешний файл, и из справочника внешних отчетов.

(3) Сделай режим публикации Отключен и открывай через файл

(3) если отчет на СКД, то помогает без переименования в режиме предприятия установить стандартные настройки.