Как-то не проверял/не сталкивался (или уже забыл?), что

СпрК = СоздатьОбъект("Справочник.Контрагенты");
СпрК.Выбрать(...);

думал - открывает модальное окно...

Ан нет, открывается неубирающееся с переднего фона окно, но можно спокойно тыкать во всякое за ним... -
это меню плющит, таращит и колбасит одновременно или это - норма..?

1. Код не рабочий
2. У меня модально, видать у тебя длл всякие что то мутят

(1) С чего это - не рабочий? вместо точечек в скобках букавки написать?

(2) ИМХО в (1) не про то

(0) Где открываешь выбор из справочника? Случаем не ПриОткрытии? Эффект стабильный, перезапуском 1С не лечится?

(0) Винда не 10 случайно?

(5) + а то они тут надысь наобновляли

(0) модальное открывает...

(0) Окно открывается модально, но судя по описанию, мышиные события просачиваются мимо кассы.
Возможно какая-то ВК (FormEx например:), или и правда с виндой чего.

У 1С есть забавный глюк - когда при старте запускаешь модальную обработку, в самой 1С можно работать параллельно с работой этой обработки. Т.е. обработка что-то считает, а ты такой ползаешь по меню и открываешь разные окна. Может это из той же оперы тема.

(9) По моему опыту это связано не со стартом при начале работы, а со СтатусВозврата(0) в самом начале ПриОткрытии(). При еще каких-то туманных условиях.

2(10) Да, там комплекс условий был, чтобы такое воспроизвести. Я условно сказал "при старте".

(4) эффект стабильный. перезапуском не лечится.

(5) WIN 7 PROF

(7) у вас скиллы не прокачаны, видимо ;-)

(8) отрубил все ВК. эффект стабильный.

Где код-то размещен? ПриОткрытии? В ОбработкеОжидания? В ещё где? СтатусВозврата(0) недалече случайно нет?

(13) нет