Собираемся в том числе запустить первичными документами с контрагентами посредствам ЭДО, но через 1С документооборот дабы было единое хранилище электронных документов.
Также планируем реализовать подписание внутренних документов компаний некалифицированной подписью "перемещение ТМЦ" Акт Списание ТМЦ, в документеобороте есть функционал подписание произвольного документа? или это будет обычный внутренний документ с прикреленой PDF?

это будет обычный внутренний документ с прикреленой PDF

(1) а подписыватся будет PDF или внутренний документ?

Учетная система какая? Имхается мне что Вы придумываете геморрой на пустом месте. Первичка в ДО на фиг никому не нужна - она вся есть в учетной системе. И не в сферическом в вакууме виде, а привязана к конкретным хозяйственным операциям.

(3) УПП от неё скоро уйдем, также есть база на БУХ3 хотелось бы чтобы архив документов был в едином месте независимо от учетной системы

(4) Заколебаетесь безшовную интеграцию пилить. Если в случае с ERP это хоть и через жпо, но работает, но в случае УПП потрахаться придется.

(5) как тогда быть? тянуть за собой УПП еще как минимум 5 лет?(срок давности хранения документов)

куда вы собираетесь принимать первичные документы xml упд, торг12, сф ?

(6) А в чем проблема? Некуда архив положить? Денег нет на диск?

(7) Принимать через Документооборот (оператор 1С ЭДО) далее отправлять в учетную систему, обратно соответственно XML в документооборот там подписывается и отправляется.
внутренние документы: выгружается в PDF далее отправляются в документооборот где подписываются.

(8) Архив не лежать должен , а быть в работующем состоянии соответственно должны быть выделены ресурсы,поддержка,инструкции итд. скорее всего я и сам уже через 2-3 года буду подтупливать вспоминая где что в УПП находится.