В расчетом листке если просуммировать Начальный остаток + Начислено - Удержано - Выплачено, то это не равняется тому, что выводится в графе Конечный остаток.
Причина: если в документе Премии работников стоит настройка Выплачивать вместе с зарплатой, то в регистр Взаиморасчеты с сотрудниками движение делается на всю величину премии без вычета НДФЛ. НДФЛ рассчитывается в документе Начисление зарплаты, который потом уменьшает сумму взаиморасчетов в регистре. Если суммарная величина НДФЛ в документе Начисление зарплаты отрицательная, и величина рассчитанного дохода не превышает НДФЛ (например, был перерасчет прошлого периода), то документ движение в регистр Взаиморасчеты с сотрудниками не делает. В результате по регистру все красиво (начислили=выплатили), а по факту не так.
Способ лечения: рассчитать НДФЛ в документе Премии.