Есть отчёт на СКД с ресурсом типа  количество(оплата) https://i.imgur.com/Qb19Z30.png . Как получить итоговое поле с суммой всех этих ресурсов?

в выражении ресурса написать Сумма(МойРесурс)

(1) Но ведь тогда будет повторяющееся поле итога

Задача в чем заключается?
Судя по картинке у тебя сейчас в итоговом поле неверные данные.
Сделай как тебе говорят и проверь результат.