Какие сложности ждут при объединении нескольких баз БП 3.0 в одну БП 3.0 КОРП ?
Правила - по ИД для всех объектов, кроме классификаторов, счетов и контрагентов.

Возможны дубли контрагентов, что еще?

Никаких

А так типы КИ, юзеры, группы доступа м и.д.

А чем собираетесь объединять, какой-то инструмент уже подобрали/выбрали?

Гипотетически, помимо дублей, могут быть конфликты номеров и кодов каких-то объектов. Разные организации должны быть с разными префиксами в номерах, тогда будет проще. Много предопределенных элементов могут сглючить... правильней всего протестить

(3) грузится всё с обменданными.загрузить = истина, поэтому на коды одинаковые всё равно
Потом перенумеруешь

Слияние 2 баз в одну

(0)  В основном проблема - настроить правильно синхронизацию общих справочников. Избежать дублей и перетирание информации.

(0) > Возможны дубли контрагентов, что еще?

А "Контрагенты" - это единственный справочник, использующийся во всех базах?

В зависимости от того насколько связаны между собой исходные базы дубли могут нарисоваться где угодно.

Отдельный вопрос - синхронизация базовой НСИ, критичной для регламентного бухучета и учетной политики: статьи затрат, статьи доходов и расходов, правила распределения, номенклатурные группы, номенклатура.

Например, если в исходных базах есть информация о том, что организация А сдавала в аренду организации Б основное средство, то это основное средство будет присутствовать в обеих ИБ (дубль).

Дублей будет... Где-то выше ширинки