Допустим в 4 квартале 2017 купили материал за 100р. - приняли к вычету НДС 18р.

В 1 квартале сделали восстановление и возмещение НДС по этому материалу на 18р.

Налоговая спрашивает: а чего это вы по этой счет-фактуре 36 р. НДС приняли к вычету. У продавцов всего 18р.

Кто с таким сталкивался? Чего делать?

18р там и там должно быть, если не равно, значит кто-то химичит.

восстановление НДС вы как показали в книге?

(2) В книге продаж

(1) Как же делать восстановление возмещение? Или возмещение по другому коду?

У вас два раза сумма пройдет по книге покупок, и один раз по книге продаж. В итоге все верно.

(5) Налоговая не хочет смотреть книгу продаж.

(6) Ну так в объяснительной это указываешь и отправляешь в ответ на требования.

Или они просто позвонили и сказали уберите?

правда несовсем понятен экономический смысл в восстановлении, чтобы взять в зачет. Обычно восстанавливают если товар не предназначен для использования деятельности с НДС. Поэтому налоговая правильно указала, что возможно тут у вас ошибка, далее или вы говорите, спасибо наш косяк, или нет все правильно потому что... и пишете ваше обоснования.

Так что ничего креминального со стороны налоговой пока нет

Ну т.е. советую глянуть ответ Лдинна в этой ветки Многократное возмещение, восстановление НДС, у кого налоговая ругается?

(8)  Когда материал пришел, неизвестно на какой заказ будет списан. Поэтому принимается к вычету в момент покупки.

(8) Да, похоже налоговая указала на ошибку, а бухгалтера не так поняли.
НДС по материалам принимается к вычету, когда из этого материала выпущена продукция, облагаемая НДС.

(10) Когда узнаете, тогда и спишите.
Особенно так попадают строительные организации - материалов много, а продукции нет - дом не сдан!

(11) 1. 0% считанные проценты или даже меньше процента.
2. Остальные могут производится и год и два, не принимать к вычету НДС несколько лет?

(12) а нельзя дом сдавать заказчику поэтапно? там, котлован, фундамент, каркас и т.д.?

(10)[ Когда материал пришел, неизвестно на какой заказ будет списан. Поэтому принимается к вычету в момент покупки.]
ФНС права, положен вычет по фактическому использованию, а Вы им "дурку" запускаете

(14) всё проще - есть 2 ПБУ, решающее коллизию НДС и налога на прибыль

(15) Это какой нормой регламентировано? С 2015 года весь НДС "по отгрузке" (есть исключению, конечно). Есть входной НДС - берём к вычету, есть продажа - платим НДС с продаж (до этого было два варианта работы с НДС по отгрузке и по оплате, но это было давно). Главный критерий - вычет возможен только по использованным ТМЦ, услугам итд в  деятельность облагаемой НДС.
(11) Строители могу строить жилые дома с нежилыми помещениями, тогда (жилое Без НДС, нежилое с НДС) не всегда можно чётко определить что должно приниматься к вычету, что включаться в стоимость. В этом случае организации или аккумулируют НДС на специально выделенном субсчете 19 (в разрезе строительных объектов) или всё берётся к вычету, с последующим восстановлением и включением в стоимость по необлагаемым операциям (второе более "стрёмно").

(0)
>> сделали восстановление и возмещение НДС
Зачем восстанавливать и брать к вычету в одном квартале?

Все эти запросы в налоговой формируются автоматом, поэтому скорей всего вы где-то промахнулись в аналитиках: номер, дата с.ф., ИНН поставщика, код вида операции...

(18)
> Зачем восстанавливать и брать к вычету в одном квартале?

В чем проблема? Восстановление НДС происходит в момент списания материалов на 0%, требованием накладной. А возмещение происходит после.

> Все эти запросы в налоговой формируются автоматом, поэтому скорей всего вы где-то промахнулись в аналитиках: номер, дата с.ф., ИНН поставщика, код вида операции...

Нет. Проблема именно с колонкой суммы. Возможно если бы принятие к вычету шло по 01, а возмещение по другому коду, то таких проблем не было. Но какой туда код вставить?

(19) + Возможно возмещение должно проходить по 25 коду, но это вроде не верно.