Как бы вы рекомендовали отразить данную операцию.

Организация покупает старые аккумуляторы и продает новые.

Я думаю это нужно делать так.
Если клиент принес старый аккумулятор и взамен него хочет получить новый со скидкой, то необходимо
1.1. Оформить поступление товаров и услуг от розничного покупателя (Поступление товаров и услуг)
1.2. Сделать продажу по полной стоимости через реализацию товаров и услуг
1.3. сделать взаимозачет.

Если же он просто хочет деньги получить, то делаем поступление и расходный кассовый ордер.
Как вы считаете, нормальная схема для розничной торговли или что-то можно поизящнее придумать?

Всё зависит от того, что вы будете делать со старыми аккумуляторами. Можем вам выгоднее приходовать по 1 рублю старые, а при продаже нового аккумулятора делать скидку по оценочной стоимости старого

(0) можно продажу оформлять через чек ККМ, раз это розничная торговля. В момент продажи предоставлять ручную скидку. Старый аккумулятор приходовать оприходованием. Хотя схема в (0) тоже неплохая.