ТекстЗапроса = "SELECT *
|FROM $БИОборотыДтКт.Основной(:НачДата, :КонДата ~, Месяц,,
|(СчетДт = :Счет),ЛицевыеСчета,
|(СчетКт = :Счет),ЛицевыеСчета,
|) AS ОсновнойОборотыДтКт";
выводит субконтоДт1 и субконтоКт1

а если
ТекстЗапроса = "SELECT *
|FROM $БИОборотыДтКт.Основной(:НачДата, :КонДата ~, Месяц,,
|(СчетДт = :Счет),,
|(СчетКт = :Счет),ЛицевыеСчета,
|) AS ОсновнойОборотыДтКт";
Выводит все пять субконтоДт и 1 субконтоКт

а если
ТекстЗапроса = "SELECT *
|FROM $БИОборотыДтКт.Основной(:НачДата, :КонДата ~, Месяц,,
|(СчетДт = :Счет),ЛицевыеСчета,
|(СчетКт = :Счет),,
|) AS ОсновнойОборотыДтКт";
Выводит все пять субконтоКт и 1 субконтоДт

Как сделать чтобы выводились все субконтоКт и все субконтоКт ?

* Все Кт и все Дт ?

Что есть <ЛицевыеСчета> ?

Таки почитаем документацию:
ВТ Общая информация

    В разрезе каких субконто будут получены результаты, определяется параметром
    Субконто. Если параметр Субконто не задан или задан как (СубконтоN, СубконтоM),
    то субконто определяются позиционно. То есть, берется вид субконто
    соответствующего счета из соответствующей позиции.

    Так, если делается запрос по счету, у которого
    определены виды субконто первое Материалы, второе Склад, то поле
    Субконто1 будет содержать материалы, а поле Субконто2 - склады. Если
    делается запрос по двум счетам, при этом у первого настройка субконто
    Материалы, Склад, а у второго Склад, Материал, то поле Субконто1 будет
    содержать материалы для первого счета и склады для второго счета.
    Поле Субконто2 будет содержать склады для первого счета и материалы
    для второго.

    Если параметр Субконто задан по видам, то данные выбираются только по тем
    счетам, у которых определены все указанные виды субконто. При этом поля
    Субконто<НомерСубконто>, будут содержать значения, соответствующие
    переданным видам субконто. Например, если один счет имеет настройку
    субконто Материалы, Склад, а второй Склад, Материалы, и параметр Субконто
    задан как (Материалы, Склад), то поле Субконто1 будет содержать
    материалы, а поле Субконто2 - склады, независимо от счета.

    Если параметр Субконто задан как БезСубконто, то результат по субконто
    не разворачивается.


$БИОборотыДтКт.<ПланСчетов>(
    [<НачалоПериода>],
    [<КонецПериода>],
    [<Периодичность>],
    [<Соединение>],
    [<УсловиеСчетаДт>],
    [<СубконтоДт>],
    [<УсловиеСчетаКт>],
    [<СубконтоКт>],
    [<Условие>]
)

как сделать что было все?
|(СчетДт = :Счет),(субконто_1,субконто_2, и .т.д),?

(3) оставь эти параметры пустыми