Запрос состоит из связки трех регистров накопления. В консоле запросов всё работает. Когда выношу на консоль запросов и ставлю отбор по контрагенту, запрос отображает информацию только из двух регистров.

а с СКД то что?

(0) мы так не умеем

Смотри в консоле как СКД оптимизирует твой запрос

Смотри результирующий запрос в СКД.