Собственно ввод остатков для того и предназначен, а все заморочки с синхронизацией легко решить датой запрета загрузки - например остатки вводятся 31.12.17 и это же ставится датой запрета загрузки (не путаем с датой запрета изменений - это разные даты)
Первоначальное заполнение можно упростить
http://catalog.mista.ru/public/754120/