ВЫБРАТЬ
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1 КАК Субконто1,
    ПРЕДСТАВЛЕНИЕ(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1),
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоОборот) КАК КоличествоОборот,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.СуммаОборот) КАК СуммаОборот,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток) КАК КоличествоКонечныйОстаток,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток) КАК СуммаКонечныйОстаток,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстаток) КАК КоличествоНачальныйОстаток,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.СуммаНачальныйОстаток) КАК СуммаНачальныйОстаток,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.СуммаОборотДт) КАК СуммаОборотДт,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.СуммаОборотКт) КАК СуммаОборотКт,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоОборотДт) КАК КоличествоОборотДт,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоОборотКт) КАК КоличествоОборотКт,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Регистратор КАК Регистратор,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Период КАК Период,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1.Наименование КАК Субконто1Наименование,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто2 КАК Склад,
    ПРЕДСТАВЛЕНИЕ(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто2),
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Счет КАК Счет
ИЗ
    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ОстаткиИОбороты(
            &НачПериода,
            &КонПериода,
            Регистратор,
            ,
            Счет В ИЕРАРХИИ (&парамСписокСчетов),
            ,
            Организация В (&парамОрганизация)
                И Субконто1 В ИЕРАРХИИ (&парамСписокТМЦ) И Субконто2 В (&парамСклад)) КАК ХозрасчетныйОстаткиИОбороты

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Период,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Регистратор,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1.Наименование,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто2,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Счет

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    Счет,
    Субконто1Наименование,
    Период
ИТОГИ
    СУММА(КоличествоОборот),
    СУММА(СуммаОборот),
    СУММА(КоличествоКонечныйОстаток),
    СУММА(СуммаКонечныйОстаток),
    СУММА(КоличествоНачальныйОстаток),
    СУММА(СуммаНачальныйОстаток),
    СУММА(СуммаОборотДт),
    СУММА(СуммаОборотКт),
    СУММА(КоличествоОборотДт),
    СУММА(КоличествоОборотКт)
ПО
    ОБЩИЕ,
    Счет,
    Склад,
    Субконто1
АВТОУПОРЯДОЧИВАНИЕ

При НачПериода = 01.05.2018; КонПериода = 31.05.2018 выполнение запроса занимает секунд 5.
А если установить июню (1.06.2018-30.06.2018) - то минут 10 - 15. В чем может быть проблема?

итоги,смотри по какой период рассчитаны

ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1.Наименование КАК Субконто1Наименование,

выразить добавь хотя бы

Итоги для регистров бухгалтерии - на 30.06.2018

(0) Группировку СГРУППИРОВАТЬ ПО здесь скорее всего делать не нужно.

А сколько времени без АВТОУПОРЯДОЧИВАНИЕ?

Преврати условие "Субконто1 В ИЕРАРХИИ (&парамСписокТМЦ)" в Субконто1 В (&парамСписокТМЦ)" и в параметр засунь все значения в иерархии.

Вытащи это в ГДЕ:
Организация В (&парамОрганизация)
И Субконто1 В ИЕРАРХИИ (&парамСписокТМЦ)
И Субконто2 В (&парамСклад)

Зачем тебе наименование вытаскивать?
ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1.Наименование

И у тебя период включает текущее время, там могут быть блокировки.

Границу периода как задаешь?
Датами или Стандартным периодом?

Все зависит от границы итогов и прочее. Границы периода это дата или граница?

>> Субконто2 В (&парамСклад)

Добавь отбор по видам субконто.