Собственно в этом и вопрос. Как сделать это чтобы не поломать правила которые у меня уже созданы.

Мне нужно запросом получить те же поля что в правилах?
Что при этом будет Источником в этих правилах?
Т.е. код надо переписывать?

Не делать же проверку перед выгрузкой запросом в регистр

ПВД выгрузка остатков
далее запрос и выгрузка по правилу

(1) я понял. Но запросом вытягивать все поля что и имена пкс в ПКО?

Заполни какой- нибудь документ (например, инвентаризацию) и перетащи только его. Номенклатура поедет по ссылкам.

Создай Новое правило Где "получить из входящих" и адресуй в те что есть.

Что-то типа:
    ТекстЗапроса = глПериодЗапроса(НачГода(РабочаяДата()),КонГода(РабочаяДата()))+";
        |Склад = Регистр.Товары.Склад;
        |Товар = Регистр.Товары.Товар;
        |_Количество    = Регистр.Товары.Остаток;
        |Функция Колво1    = НачОст(_Количество);
        |Функция Колво    = КонОст(_Количество);
        |Функция Приход    = Приход(_Количество);
        |Функция Расход    = Расход(_Количество);
        |";
        ТекстЗапроса1 = ТекстЗапроса + "
        |Группировка Склад без групп;
        |Группировка Товар без групп;
        |";
    Запрос = СоздатьОбъект("Запрос");
    Если Запрос.Выполнить(ТекстЗапроса1)=0 Тогда
        Возврат 0;
    КонецЕсли;
    
    Пока Запрос.Группировка(1)=1 цикл
            ВыгрузитьПоПравилу(Запрос.Склад,,,,"Склады");
        Пока Запрос.Группировка(2)=1 цикл
            ВыгрузитьПоПравилу(Запрос.Товар,,,,"Номенклатура");
        КонецЦикла;    
    КонецЦикла;

А что от куда и куда тащим то собственно?

Номенклатуру из какой то переписанной семерки под названием Сеть магазинов в Розницу 2.2 от Раруса

(7) Ну вам уже правильно подсказали, создать документ - Инвентраризация, или любой другой, приход например, который сейчас перегружаеться, заполнить его остатками, и сделать обмен с восьмеркой

(3) (5) классные варианты, так и попробую.

(5) А убирать в ПВД источник и способ выборки Произвольный алгоритм?

Зачем Источник убирать?
Да
способ выборки Произвольный алгоритм

(5) Красивее чем (3)

(0) надеюсь, поможет http://catalog.mista.ru/public/81147/

(2) выгружай типовым переносом. Только там не все галки при выгрузке ставь. Галку переносить остатки товара поставь. А галку переносить справочник Номенклатура не ставь.