Если память не изменяет, там должен быть регистр накопления Взаиморасчёты или Взаиморасчеты с контрагентам как-то так называется (проще посмотреть приходные документы по каким регистрам они пишут). Раз взаиморасчеты не ведутся по документам, то берешь и на дату выбираешь остаток, если остаток положительный значит была предоплата, отрицательный значит долг. По идее как-то так.