В ЗУП 2.5 логика была следующей: заполнение документа - расчет - проведение. В ЗУП 3.1, как я понимаю, расчет производится в момент заполнения? В момент подбора сотрудника или заполнения на основании?

Ага.
Но есть еще ФО, которая это отменяет и делает кнопку Пересчитать.

тут даже картинка есть https://its.1c.ru/db/staff1c#content:34559:zup30:zup30_dei2_2

(1). Да, я нашла эту настройку. Но, например, когда я добавляю подбором сотрудника в Начисление зарплаты и взносов, результат по всем начислениям рассчитывается именно в момент обработки подбора независимо от того, включена эта ФО или нет.