Перенёс из одной конфигурации в другую справочник с предопределёнными элементами.
В новой конфигурации эти элементы не выводятся. Даже более того. Запрос по этому справочнику не выдаёт эти элементы в результате.
При этом в конфигураторе эти элементы есть и доступны для использования.