Типовая конвертация КА2 <-> КА2. Нужно поправить ПКО ХарактеристикиНоменклатуры так, чтобы всегда выгружалась пустая ссылка. Или чтобы реквизиты обрабатываемые этим ПКО не выгружались вовсе. В КД2 можно было прописать Отказ = Истина в событии ПередВыгрузкой, а какие аналоги для этого есть в КД3?
UP
Отказаться от записи при загрузке в событиях "ПередЗаписьюПолученныхДанных" и "ПриКонвертацииДанныхXDTO" не проходит. Если в файле обмена пришёл объект ссылочного типа, то он обмену непременно нужно что-нибудь записать. Стало быть нужно как-нибудь отказаться от добавления данных в файл обмена на стадии выгрузки.