Добрый день.
При переходе Ут с 11.4.3 на 11.4.5 в регистре сведений "Реестр Документов" изменен тип реквизитов "Контрагент" и "местохранения" с Контрагенты.ссылка и склады.ссылка на справочник "КлючиРеестраДокументов".
База не типовая.
При обновлении  базы данные в реквизитах контрагент и ссылка естественно теряются и обновление выдает сообщение "Неуникальный ключ".
В типовой базе обновление проходит.  То есть при обновлении в типовой заполняется справочник "ключирегистрареестрДокументов и сам регистр Как 1С это делает ?

обычно в обработке обновления через менеджеры объектов- там прописаны процедуры начального заполнения

Вопрос решен. У документа Перемещение товаров две записи с разными складами.При удалении складов записи становятся неуникальными. Помогает заполнение реквизита "разделениезаписей" счетчиком.