У компоновщика настроек есть метод Восстановить(), позволяющий снять признак использования с элементов, связанных с отсутствующими в доступных полях полей. Можно ли как то с аналогичной простотой сделать то же самое с пользовательскими настройками?

Судя по тому, что пользовательские настройки обделены функциональностью (например, это плоская коллекция без свойств "Выбор", "Отбор", "ПараметрыДанных" и т.д. по сравнению с "обычными" настройками), то вряд ли

КомпоновщикНастроек хранит в себе все три настройки (фиксированные, обычные, пользовательские). Разве "восстановить" не касается всех? Лично не проверял.