Есть связка УТ 11 + БП 3.
В УТ добавлены два нетиповых документа поступления и возврата с ответхранения.  
В БП загружается как типовое поступление со счетами 002.
Вопрос, как быть с нумерацией в бухгалтерии, как разделить учет по типовому поступлению и по ответхранению?

Обмен идет через универсальный обмен

Префикс

(2) Уже будут префиксы по организации и базе. Плюс планируют создавать документы отдельно в бухгалтерии.
Я все больше склоняюсь к мысли удалить эти два документа, и запихнуть их функционал в поступление и возврат поставщику.

Ну так сам все знаешь.. А вообще пофиг мне было бы на номер, по счетам то поделено

(4) Не пофиг, обмен идет в две стороны

Пофиг, пофиг кто вообще заставляет связывать именно по номеру, подойдет любой уникальный реквизит