Пользуется ли кто доработкой конфигураций через расширения?
Работают ли они как заявлено или встречаются какие либо коллизии?

(0) Да.
И как заявлено и коллизии.

(0) имхо стоит использовать если в расширении будет функционал который не пересекается с типовым, а конфа на полной поддержке. Иначе затрудняются обновления.
Баги есть даже на последних версиях - после обновления расширения (доавил пару модулей) - в пользовательском режиме пропали все данные из расширения, хорошо что бекап был свежий.
Пока до ума не довели, через год-другой можно будет использовать.

(0) Все изменения в типовом коде лучше делать прямо в нем. Так как при обновлении нет нормального сравнения конфигурации с расширением, чтобы узнать, что поменялось, а что нет.