Добрый вечер!
Каким образом можно настроить конфигуратор, чтобы при выходе из него он автоматически сохранял бы конфигурации открытых в них окон и восстанавливал бы при входе ?

Никаким
Закрывайте ветку

Снегопат, например, умел.