Ситуация такая, что мне нужно получить остатки по партии, но без учета доп.расходов, то есть без движений, которые формировались документами ПоступлениеДопРасходов, на основании этой партии. Я ничего лучше не придумал, как делать запрос простой таблице регистра (не виртуальной), с условием "НЕ ПартииТоваровНаСкладах.Регистратор ССЫЛКА Документ.ПоступлениеДопРасходов" и потом группировать. Есть ли какой-то более правильный метод для такого случая?

Есть.
Не делать так, ибо смысла никакого в этом нет

"Как вы получаете остатки по регистру без учета определенного определенного типа регистрато"

Никак не получаем, нет смысла в таком остатке. Это не остаток уже.

можо получить остатки, а потом вычесть обороты

(0) надо брать остаток по ресурсу без доп.расходов

Была партия стоимостью 100 рублей
Доп расходы + 10 рублей.
Всего по партии 110 рублей.
Часть партии продали/списали. Например 104 руб.
Остаток всего по партии 110-104=6руб.

Как определить что из этих 6 рублей основная партия, а что  допрасходы?
Вычитать целиком допрасходы (движения в приход по партии выполненные регистратором допрасходов) будет некорректным. 6-10=-4

Придётся какие-то пропорции высчитывать, но это уже будет какой-то весьма условный учет.

в типовой ут доп расходы в отдельный ресурс кладутся

(0) Есть. Проектировать регистры изначально так, чтобы можно было получать такую информацию, а не доставать гланды нетрадиционным способом.

(7) кому проэктировать? Это типовая конфигурация.

(8) Вам естественно. Разработчики типовой никому ничего не обязаны.

ТКВ уже задавали?

(0) для этого я допрасходы в отдельный ресурс вывожу

(8) Выше уже написали, что в типовой реализовано по другому. Озвучьте уже название вашей типовой конфигурации (и лучше это делать в первом сообщении).