Разобрался сам, но не док конца. Подглядел вот здесь
http://catalog.mista.ru/public/120035/.
Оказывается у меня было несколько правил конвертации объектов с одинаковым типом у источника. А именно у складов. Выставил приоритет у этого правила максимальным.
Сейчас типЗначения второго субконто как надо "номенклатура", но само значение не перенесось.