У документа есть поле, в которое нужно заносить пользователя
который менял документ последний. Автор, это если Объект.Ссылка
не заполнен. А как определять менял ли пользователь что то в
документе или нет. Что бы занести его в это поле.

(0) "Что-то" - это любой реквизит? Тогда лучше откажитесь от этого вовсе. Дрянь все эти самопальные истории изменений. Если 1-2 реквизита, можете посмотреть историю КПП в стандартных конфах, к примеру.

(0) Перед записью сравниваешь значения Ссылка.РЕквизит и Объект.Реквизит
Дальше делаешь выводи и принимаешь решение.

(0) ну или простое

Если Модифицированность Тогда
    Пользователь = ТекущийПользователь;
КонецЕсли;

И всё это в "ПередЗаписью"

В некоторых документах можно открыть, ничего не менять и просто перепровести - этого будет достаточно для изменения данных.

(3) Это же хорошее решение, и правильное?!

(5) не правильное, а быстрое. платформа Модифицированность в Истину при любом изменении, даже если по факту все реквизиты остались те же.
единственный вариант: для того дока, за которым надо следить в ПриСозданииНаСервере по произвольному алгоритму считать контрольную сумму, сохранять в реквизит формы, потом в ПередЗаписьюНаСервере делать такой же расчет по данным формы и если контрольные суммы не совпадут - скорее всего пользователь действительно что-то поменял.

(5) Угу. Если у пользователей прав особо нету то можно и так. А то потом пользователь с раш правами "групповой обработкой" изменит реквизиты у ряда документов:). И будет доказывать, что ничего не делал.

Версионирование

А что мешает просто записывать пользователя, который записал документ?
Изменил или нет - не важно. Нажал "Записать" - полезай в авторы.

(0) БСП 2.4.6, 3.0.1 - Подсистема «Версионирование объектов» предназначена для учета истории изменений объектов (кто, когда и что изменил). Также она позволяет получать отчеты по версиям или по конкретной версии объекта. Версионируемыми объектами могут быть справочники, документы, бизнес-процессы, планы видов характеристик и планы счетов конфигурации.

(9) В Авторе кто создал. Если Объект.Ссылка не заполнен.
А в Изменил, тот кто меняет. Ну и автор изначально там.

(11) без хранения истории что было до и что стало после изменений хранить того кто изменил нет смысла. будет открещиваться.
так что лучший вариант в (10)

Кто последний сохранил, тот и виноват. В сабже нет смысла.

Объект по-реквизитно нет смысла сравнивать, в данном случае. Конвертануть в ХМЛ до и после, сравнить.