Структура обособленных подразделений (без выделенного баланса) компании (каждое относится к разным ИФНС, т.к. разные города):
- Департамент продаж
- Департамент продаж Казань
- Департамент продаж Самара
- Департамент продаж Санкт Петербург

Есть должность “Региональный директор”, которая подразумевает руководство несколькими городами.

Далее логика кадровиков:
“Региональные директора” обслуживают несколько городов, поэтому они не могут быть закреплены за конкретным городом, так как их работа с этим конкретным городом не связана, они курируют несколько городов (Казань, Самара, Санкт Петербург). В трудовом договоре указывают город и адрес, где фактически сидит “Региональный директор” (Санкт Петербург). Но при внесении информации о региональном директоре в 1С:ЗУП, они привязываю его не к “Департамент продаж Санкт Петербург”, а к “Департаменту продаж”.
Последствия: НДФЛ с доходов такого “Регионального директора” уплачивается не в ИФНС по Санкт Петербургу, а в ИФНС, к которой отнесен “Департамент продаж”.

Как убедить, что данный подход неверный.

(0) Зачем? Их же все устраивает?

(0) ну например, департамент туризма, региональный директор обслуживает направление "Турция". Так он по-вашей логике в Турцию должен НДФЛ платить? Что-то бредите.

(1) Их не устраивает то, что при сборе Статистики (П-4) “Региональные директора” подтягиваются в “Департамент продаж”. А они хотят в статистике их видеть в “Департаменте продаж Санкт Петербург”.