В комплексной в настройках стоит использовать партионный учет вместо РАУЗ, в учетной политике УСН доходы минус расходы, для признания расходов галочка Реализация товаров снята. То есть Поступил товар оплатили поставщику принялись в расходы. Через банк проблем нет, когда делаем через авансовый отчет с оплатой поставщику (в договоре по документам расчета) с выбором документа оплаты, возникает косяк, вернее документ поступления на 60 тыс, оплачиваем 40, в КУИДР расходы попало 40, по закрытию месяца восстановление последовательности УСН НУ, в КУИДР расходы садиться просто разница в 20 а 40 уходят. Причем по всем АО такая проблема с банком все четко, именно до восстановления УСН до копейки сходится оплата в расходах