Можно ли в ЗУП 3,1 убрать подразделения, т.е вообще отключить использование подразделений? И если можно то как?

Совсем - нет. Заведите одно "Основное подразделение" и вешайте все на него

Нет,а для чего если не секрет?

Можно одни обойтись как вариант