В плане обмена в обработчике ПриПолученииДанныхОтГлавного прописано изменения объектов текущей базы (самопис). Например, снятие с проведения проведенных документов. Далее эти документы обрабатываются (проводятся заново). Но так как дальнейшая обработка происходит не в транзакции с обменом, то возможны ошибки (документ распроводим, но не обрабатываем в дальнейшем). Зачем так сделали - не знаю. Хочу непосредственно в ПриПолученииДанныхОтГлавного прописать УдалитьРегистрациюИзменений после распроведения документа. Чтоб даже если он и сделается непроведенным, то не улетит в центральную базу. Чревато ли это потерей производительности? Критичны большие транзакции, так как к тому же используется Постргрес.

А ты проблему-то какую решаешь?

Проблема в том, что если "отваливается" обмен посередине, то потом со следующим обменом распроведенные документы уходят в центральную базу. Я хочу минимально вмешавшись в существующий странный на мой взгляд алгоритм, убрать то, что снятые с проведения документы уходят в центр. Пусть остаются как есть (там есть алгоритм их повторной обработки, но не суть).

Не "повесит" ли обмен то, что я добавлю УдалитьРегистрациюИзменений в  ПриПолученииДанныхОтГлавного

Убери вот это:
"ПриПолученииДанныхОтГлавного прописано изменения объектов текущей базы (самопис). Например, снятие с проведения проведенных документов".

Сделай, чтобы обработка проводилась после завершения обмена. Тогда вся эта тряхомудия не нужна с очисткой регистрации.

То есть надо как-то так:
1. ПриПолученииДанныхОтГлавного ты в какой-то отдельный регистр или еще как угодно "запоминаешь" объекты, которые надо дообработать.
2. регламентное задание с какой-то периодичностью дообрабатывает всё, что есть в регистре. Причем - один документ за раз и - в транзакции.