Как в пользовательском режиме открыть СКД-шный отчет таким образом, чтобы некоторые группы (которые можно отобрать по определённым условиям) отображать свернутыми?
Или только программно?

Как при выводе данных в отчете через компоновку данных выводить одну группировку свернутой
см. пост 24

(1) Т.е. только программно? Настройками никак?

если нужно свернуть ВСЕ группировки определенного уровня тогда можно воспользоваться ЭлементыФормы.Результат.ПоказатьУровеньГруппировокСтрок(Уровень - 1);
для этого можно в схеме СКД придумать свой параметр, он будет сохраняться в настройках, и в ПриКомпоновкеРезультата затачиваться на него

если только определенные группировки, то тоже параметр-список с их перечислением и программно как я сказал выше

по другому никак