Конфигурация - Поддержка - Настройка поддержки
Вижу две конфигурации:
http://joxi.ru/krDkpXETE6RJgA
Как удалить ставшую ненужной NiraxamoCRM?

Заскринил так, словно украл. Там справа кнопка снять с поддержки должна быть.

Класс. Снял с поддержки - лишняя конфига исчезла.

(1) если нужно полностью удалить код и писали не инопланетяне, тогда делайте фильтр по подсистемам удаляемой конфигурации и физически удаляйте объекты метаданных.
Не забудьте сделать бекап.
Можно конечно выгрузить конфигурацию в xml и удалять уже там, но по времени думаю будет то же самое

(2) когфа то исчезла,но не исчез ее код

(2) Этого мало. Если конфигурация на поддержке у двух и более поставщиков, то можно снять с поддержки не основные конфигурации и там-же выполнить сравнение, объединение с конфигурацией поставщика. Но перед этим нужно правила поддержки просмотреть и изменить правило "Объект поставщика снят с поддержки".

(3) А что, сравнить-объединить текущую основную конфу с пустой, отметить все и снять по подсистемам ненужной конфигурации не катит?