Имеется обработка, которая обменивается изменениями двух баз в формате XML. Так вот после обмена вместо предопределенных данных появляется битая ссылка. Поняла, что идентификаторы разные в базах.
Как можно исправить это?

Нужно запретить автообновление предопределенных данных в приемнике

(0) Если речь про обработку ВыгрузкаЗагрузкаXML, то просто взять из комплекта КД2.1.8.2. Там это реализовано.

У меня 2 идентичных базы. Они между друг другом обмениваются изменениями.
Предопределенные данные тоже одинаковые.
Битые ссылки получаются в документах и регистрах накопления при их переносе.
Запрещать нужно в коде при загрузке или в "Прочее" в справочнике?

Делайте (2) и битых ссылок не будет.
Лечение уже имеющихся битых ссылок - отдельная тема (=замена ссылок).

(4) Как думаешь, почему УИДы не совпадают?

(5) Предопределенные создаются (могут создаваться) независимо в базах. Обработка (2) умеет это учитывать.
Если РИБ (или одна из баз пустая), то верен/возможен твой рецепт (1).

RomanYS, спасибо! попробую так сделать.

(6) "Предопределенные создаются (могут создаваться) независимо в базах" // Вот, именно :) Вся боль автора из-за этого. Обновили конфигурацию второй инфобазы - создались там предопределенные автоматом со своими новыми УИДами...
Учет обработкой таких случаев (для правильного сопоставления) - это, конечно, уже хорошо, но более правильным все-таки кажется вариант сопоставления их по УИДам (т.е. чтоб они были одинаковыми).

(8) Базы могли быть созданы 15 лет назад на 8.0 и иметь миллионы ссылок на предопределенные. 15 лет это работало, а потом перешли на 8.3.

Я за (1) при возможности его реализовать, но это не всегда возможно. Базу могут не быть родственниками, но при этом на одной конфигурации. Например, надо несколько организаций надо слить в одну базу. 1С это предусмотрело в (2).