Есть файловая база (бп3) опубликованная на iis, при файловом варианте  все веб сервисы 1с работают: интернет поддержка, 1с контрагент и т.д. Но при работе на веб сервере ошибки, что не удается достучаться до внешних ресурсов. Есть подозрение, что у группы пользователей iis_iusrs нет прав на выход в интернет через ie. Кто-нибудь сталкивался с подобным?

Сам спросил - сам отвечу.
На IIS 10 в windows 10 (возможно и на windows server 2016) нужно в настройках iis поменять удостоверение, под которым запускается пул приложений DefaultAppPool. С ApplicationPoolIdentity на LocalSystem.