Правильно понимаю, что если у Возврата поставщику есть подчиненный Счет-фактура выданный, то при его загрузки в УПП/КА1 должен установить этот реквизит в Истина?

ПКС уже написал:

Подчиненный = Неопределено;
Если мвДоработки.ПодчиненныйДокумент(Источник.Ссылка, "СчетФактураВыданный", Подчиненный) Тогда
    Значение = Истина;
КонецЕсли;

Хотелось здесь же прописать вызов ПКО для Подчиненный Счет-фактура выданный. Но как это сделать не соображу...

это?
После выгрузки в файл
Условия возникновения события
Событие выполняется после выгрузки объекта в файл обмена. Может быть использован для выгрузки дополнительной информации по выгруженному объекту в файл обмена. При этом информация будет записана в файл обмена после выгруженного объекта.

(1) Сделай ВыгрузитьПоПравилу() для твоей Счф

(2) Не, правлю правила обмена в КД2. В этом же ПКС могу прописать вызов ПКО для Подчиненный Счет-фактура выданный? Или что-то отдельно писать, что?
А то ПоставщикуВыставляетсяСчетФактураНаВозврат = Истина, а Счет-фактура выданный - нет.

(3) ВыгрузитьПоПравилу(Подчиненный, , , , "СчетФактураВыданный"); - так?

(5) Ещё одну запятую добавь

(6) Спс, получилось!