когда 5 справочников , 3 документа  всё довольно просто и умещается в голове, когда больше начинаются проблемы.
Вопрос в чем сейчас проктируют на проетах в 1с?
Нужно саму структуру + процедуры и функции

проктируют = проектируют

(0) В Конфигураторе?

(2) как? может в новых платформах что то новое появилось?

1. Рисовать на листочках
2. Тренировать голову

(4) так сейчас и происходит(

Изучи ER-модели https://st.weblancer.net/download/938222_935xp.png и затем представляй нечто похожее в голове

Для 77 была обработка которая схему конфы (метаданные) в этом виде показывает

https://wonderland.v8.1c.ru/blog/skhema-dannykh/

(00 СППР

(6) интересно , буду изучать
(8) очень неудобно работать

(0) Рисую в Visio подобных системах. Ну и конечно доска и бумага.

печално что 1с о CASE системе не позаботились...

(0) Для небольших техпроектов ARIS Express сойдет.