Используем обмен через универсальный формат. Имеется справочник который нужно выгрузить, но не "один в один", а "один в несколько". В какой момент и как это делается?
Если конкретнее, то в пакете xdto в свойствах этого справочника есть "Подразделение", а в реальности это подразделение находится в  регистре сведений (и по этому регистру Подразделений может быть несколько).

Там нужно не пакет ковырять, а модуль обмена. Вся логика по выгрузке - загрузке там лежит.

Посмотрите в типовых как выгружается документ установки цен
Процедура ПОД_Документ_УстановкаЦенНоменклатуры_Отправка_ПриОбработке
Формируем ланныеЮ например в виле структуры и выгружаем несколько раз
ОбменДаннымиXDTOСервер.ВыгрузкаОбъектаВыборки(
В конце процедуры
ИспользованиеПКО.Документ_УстановкаЦенНоменклатуры_Отправка = Ложь; // - запрещаем выгрузку Вашего объекта типовым способом.

(1) Понятно что модуль обмена, в пакете то как раз все просто.
(2) спасибо за наводку

Вы конвертацией умеете пользоваться?
Там есть возможность после выгрузки вставить любой код и создать на основании документа источника любое количество элементов или движений.

(4) Вы с КД2 спутали. В КД3 в исходной базе при выгрузке нельзя управлять загрузкой, создавать элементы и движения.

(5) так в (4) и написано - после ВЫгрузки

(6) так и процедур после выгрузки нет.
А движения - это движения документа при проведении?
Ладно, не важно ;)