Коллеги,в УПП 1.3 остатки отпусков сотрудников организаций показывают не верные остатки.Что анализировать и где смотреть? какие настройки ?

Трудно сбиться тому - чего нет.
По факту нет никаких остаток отпусков, есть первоначальные данные, списание по кадровым или расчетным документам и расчетный остаток.
В первую очередь - обновление, многие разработчики "дорабатывают" подсистему остатков отпусков - может снесли.
Далее смотрите на учетную политику, может переставили флаг с учета по кадровым на расчетные документы.