В "ПриКомпоновкеРезультата" меняю запрос вот так:
СхемаКомпоновкиДанных.НаборыДанных.НаборДанных1.Запрос = ПолучитьТекстЗапроса();

Выборка в компоновке данных имеет такие же поля как и в моем запросе

Но после этого перестают параметры влиять на результат. Ни если заполнять их в режиме Предприятие, ни программно настройкам компоновщика передавать, на сам результат они не влияют

Как в таком случае установить параметры компоновщику

попробуй применить построитель в тексте запроса

Можете так (программно):
СхемаКомпоновкиДанных.Параметры

А настройками компоновщика как передаете? Покажите код

небось автозаполнение всего стоит. нужно отключать

Вероятно при изменении текста запроса у вас изменяются настройки параметров. В частности, флажок ОграничениеИспользования