Добрый день, есть запрос
    ТекстЗапроса = "
    |ВЫБРАТЬ
    |    ВЫРАЗИТЬ(ПланСчетовОсновнойОстатки.Субконто3 как Справочник.СтавкиНДС) КАК СтавкаНДС,
    |    ПланСчетовОсновнойОстатки.СуммаОстатокДт КАК СуммаЛей,
    |    ПланСчетовОсновнойОстатки.ВалютнаяСуммаОстатокДт КАК СуммаВал
    |ИЗ
    |    РегистрБухгалтерии.ПланСчетовОсновной.Остатки(
    |            &ДатаКон,
    |            Счет = &СчетКт,
    |            ,
    |            Субконто1 = &Контрагент
    |                И Субконто2 = &ОсновнойДоговор
    |                И Субконто3 В (&СписокСтавокНДС)
    |                И ВЫБОР
    |                    КОГДА &Валютный
    |                        ТОГДА Валюта = &Валюта
    |                    ИНАЧЕ ИСТИНА
    |                КОНЕЦ) КАК ПланСчетовОсновнойОстатки
    |ГДЕ
    |    ВЫБОР
    |            КОГДА &Валютный
    |                ТОГДА ПланСчетовОсновнойОстатки.ВалютнаяСуммаОстатокДт < 0
    |            ИНАЧЕ ПланСчетовОсновнойОстатки.СуммаОстатокДт < 0
    |        КОНЕЦ
    |";
Периодически данный запрос выполняется очень долго, 1-2 раза в месяц, но так как он выполняется при проведений реализации, время проведения одного документа увеличивается с пару секунд до 1 мин, в итоге работа встает, не могу понять почему так происходит, спасибо.

вместо ВЫБОР
    |                    КОГДА &Валютный
    |                        ТОГДА Валюта = &Валюта
    |                    ИНАЧЕ ИСТИНА
    |                КОНЕЦ
замени на построитель и элементы отбора

ну и то, что там в ГДЕ тоже через построитель формируй

(0) База файловая или клиент-сервер?
С чего взял, что запрос должен работать всегда одинаково по скорости?

Нет отбора по видам субконто

а какой индекс таблице остатков

Серверная, я не говорю что время выполнения всегда должна быть одинаковая, но когда с пару секунд возрастает до 1 мин как-то странно

так бывает когда ошибается планировщик когда тухлая статистика после массовых операций, например.

(6) считает что индекс не селективный и делает фулл скан