Есть УПП в нем заполняется регистр свободные остатки.

Насколько сильно он нужен? Если данные в нем будут расходится с товары на складах, и товары в резерве на складах, партии товаров на складах - чем это чревато?

Если расходятся - отключай нафиг.
Каждый раз за ним следить себе дороже, лучше остаток вручную каждый раз считать во всех алгоритмах.

вот правильно, нужно с начала времен пересчитывать все регистры, а не смотреть по одному

Если не ошибаюсь важен для подбора товаров по остаткам в документы и тд. а то будете свободный остаток рассчитывать  путем запросов по нескольким регистрам и соединением таблиц, при большом количестве пользователей и активной работе все начнет ползать.

Работает очень плохо - без него проще.

(0) Имхо, с ним все же лучше. Если расходятся - что-то у вас криво происходит. Контроль остатка после проведения происходит, это лучший вариант, чем обычный. Были какие-то проблемы с учетом по сериям, но это поправимо.

(3) Т.е. он только для подбора? Даже панель остатки номенклатуры в справочнике номенклатуры его вроде как не используют.

(5) Организация не торговая.  Высокой оперативности подбора не требуется и множества людей с подбором не работает.

А ошибки по расхождению:
Товары на складах - Резервы товаров на складах
Заказы Поставщику (и т.п.) - Размещение заказов поставщику и так отслеживаем.

нужный регистр, у меня всегда с ним все норм было

(6) Я привел пример использования, не знаю УПП, сужу по УТ11 , но думаю там что то общее в рамках учета остатков товара по регистрам есть.
По идее суть регистра иметь сводные данные для более быстрого доступа, так как реально геморойно собирать каждый раз остатки , учитывая резервы, отгрузки в процессе по ордерным складам, поступления и тд, а если есть посерийный учет так вообще песня начинается.
Я бы больше задавался вопросом почему у вас "рассинхронизировались" регистры вместо того как убрать регистр, явно где то какая то кривота присутствует.

С ним быстрее работает. Если за порядком в базе следят, проблем с ним нет.