Уже практически собирался накатить это на живую базу.. В общем, ситуация:
ПараметрФО. Использование: РегистрСведений.ВидимостьОбъектов.Измерение.Магазин
ФО1. Хранение: РегистрСведений.ВидимостьОбъектов.Измерение.ГруппаОбъектов1
ФО2. Хранение: РегистрСведений.ВидимостьОбъектов.Измерение.ГруппаОбъектов2
В самом регистре сведений:
Магазин  | ФО1    | ФО2
Магазин1 | Истина | Истина
Магазин2 | Ложь   | Истина

ПолучитьФункциональнуюОпцию("ФО1",Новый Структура("ПараметрФО",<Магазин2>) - Возвращает Истина

Меняю значение ФО1 в первой записи на Ложь, возвращает Ложь. Удаляю первую запись, возвращает верно, как бы я не установил.
Это как?(

Такое ощущение, что параметру функциональной опции плевать на то, что я ей передаю

Сейчас попробовал
ПолучитьФункциональнуюОпцию("ФО1",Новый Структура("ПараметрФО","абракадабра") - вернул Истину..

Там вроде была рекомендация - не использовать хранение ФО и РС...

Не правильно передал ключ в структуре, ошибся на символ