Всем привет)
Как можно сравнить объектXDTO и ссылку справочника на одинаковые значения?

Пореквизитно.

я как бы не шарю но попробуй в конце объекта XDTO добавить .Значение мб в этом проблема
либо .названиеТогоЧтоСравниваешь

<>

Как перебрать ссылку по реквизитам?

Как перебрать ссылку по реквизитам через цикл?

https://www.google.com/search?q=Как+перебрать+ссылку+по+реквизитам+через+цикл%3F&oq=Как+перебрать+ссылку+по+реквизитам+через+цикл%3F&aqs=chrome..69i57.1231j0j7&sourceid=chrome&ie=UTF-8

Для Каждого ИмяРеквизита Из Ссылка.Метаданные().Реквизиты() Цикл
Фигня = Ссылка[ИмяРеквизита];
КонецЦикла;

[ИмяРеквизита.Имя]