Доброго дня.
Вопрос такой: Есть ЗУП 3.1 которая не обновлялась с начала 2018 года,  
можно ли как то перенести данные в такую же конфу только свежего релиза без накатки туевой куча апдейтов?

Подготовьте cf на пустой базе и затем загрузите в базу с данными, будет быстрее. Почему так не хотите?

(0) Лень?

Посмотри на ИТС лежит готовый полный дистриб 3.1.8.216
Можно принудительно им обновиться указав конкретный файл обновления готовый CF. В принципе, в самой конфигурации переходные процедуры и обработки не удаляются, поэтому полным дистрибом обновление должно быть возможно.